Situato Monti Dauni della Puglia, in provincia di Foggia, con circa 1200 abitanti, quasi ai confini con la Campania ed in posizione quasi strategica, il borgo domina il territorio attraversato dal torrente la Catola da cui prende il nome: "San Marco", riferito all'Evangelista, e "la Catola", il fiume che scorre nella sottostante vallata.
Non si hanno notizi certe circa la nascita di questo borgo ma sembra che nel 1100 già esistesse un centro abitato; secondo altri il nucleo urbano sarebbe sorto in seguito alla liberazione di prigionieri voluta da Federico II.
A partire dal 1860 e il 1863 il territorio circostante San Marco fu interessato dal fenomeno del brigantaggio, tanto da indurre l'incaricato del governo, tenente colonnello Fantoni, ad emanare a gennaio 1862 un decreto di interdizione dei boschi di San Marco e dei comuni limitrofi ai cittadini, che vennero impossibilitati a lavorarvi o attraversarlo. Il 22 ottobre 1863 in uno scontro a fuoco con la guardia mobile fu ferito e catturato il bandito Titta Varanelli, che venne poi fucilato in piazza e lasciato per due giorni ad ammonimento della popolazione.